长链非编码RNA在银屑病发病机制及治疗中的功能研究
发布时间: 2023-12-08 浏览量:27
- 交易方式:面议
- 联系电话:0459-5805219
- 单位名称或姓名:王辉
- 产业领域:生物经济
- 成果类型:
项目基本情况Basic information of the project
本研究在NCBI数据库下载银屑病RNA-seq数据,通过新一代测序技术获得lncRNA和mRNA表达谱数据。本研究将银屑病皮肤样本分为nn(正常)、un(未累及)、lps(疾病)三类,比较银屑病中三类样本的lncRNA和mRNA表达谱变化,计算出显著失调的lncRNA和mRNA,构建失调lncRNA和mRNA网络。
利用Starbase数据库获得miRNA和mRNA的关系对,通过miranda软件预测miRNA和lncRNA的关系对,二者取交集获得lncRNA与mRNA在结构上竞争性内源关系。利用表达上的正相关,进一步过滤,形成结构上具备绑定关系和表达正相关的银屑病中的lncRNA和mRNA竞争性内源性网络。通过随机游走算法分析银屑病中的lncRNA和mRNA竞争性内源性网络,获得随机游走得分较高的lncRNA和mRNA。对差异表达和随机游走得分较高的lncRNA分别进行比较,并对发现的银屑病相关lncRNA进行GO功能富集、KEGG通路分析和文献证实。
(3)性能指标(写明合同要求的主要性能指标和实际达到的性能指标)。
研究发现了多个银屑病相关的lncRNA,通过文献验证了部分潜在的ceRNA关系。合同标明发表论文2篇,本研究成果发表了2篇SCI论文,2篇科技核心论文。
(4)与国内外同类技术比较。
目前国内同类研究多数采用差异基因的方法,考虑的因素较为单一,而本研究构建了银屑病中差异lncRNA和mRNA竞争性内源RNA网络,在此基础上采用随机游走算法,对网络中的lncRNA进行打分,本研究采用的方法综合了多种因素,可以更全面的评价lncRNA。
(5)成果的创造性、先进性。
长链非编码RNA在银屑病发病机制及治疗中的功能研究,构建了银屑病中差异lncRNA和mRNA竞争性内源RNA网络,在银屑病竞争性内源RNA网络中首次采用随机游走算法识别了银屑病相关lncRNA,通过文献证实了部分lncRNA潜在的ceRNA关系,具有一定的先进性。
(6)作用意义(直接经济效益和社会意义)。
本研究通过生物信息方法对银屑病中的非编码RNA研究,发现了LINC00641,XIST,NEAT1等几个银屑病潜在lncRNA。该研究将帮助我们更好地理解银屑病的病因和发病机制,从而进一步指导银屑病的诊断和治疗。
(7)推广应用的范围、条件和前景以及存在的问题和改进意见。
本研究可以加深对银屑病发病机制的认识,为指导临床实践提供理论支持。
存在的问题:
1、在研究过程中发现的差异的lncRNA较少,提示可能存在没有注释的非编码RNA,因此开发识别未注释的lncRNA流程,发现潜在银屑病特异性lncRNA。
2、引入circRNA,形成circRNA,mRNA, lncRNA, microRNA的更为全局的竞争性内源RNA网络。
3、开发银屑病中mRNA, lncRNA, microRNA, circRNA数据库。
4、构建免疫缺陷鼠银屑病模型,开展lncRNA生物学实验。
管理团队与技术团队Management team and technical team
大庆油田总医院
效益分析Benefit analysis
该项目为储备库项目资源,暂无效益分析内容。
成果推荐Result recommendation